Đào Khản nhờ công được thăng làm Thị trung, Thái úy, đô đốc Giang, Quảng, Ninh, Kinh, Tương, Ung, Lương 7 châu chư quân sự, Trường Sa quận công, vẫn đóng quân ở Kinh Châu.

Tháng 12 năm Hàm Hòa thứ 4 (329), Hậu tướng quân Quách Mặc giả xưng chiếu mệnh giết thứ sử Giang Châu là Lưu Dận. Thừa tướng Vương Đạo sợ Quách Mặc kiêu dũng không chế ngự nổi, đành chấp nhận sự đã rồi, còn để ông ta nhậm chức thứ sử Giang Châu. Nhưng Đào Khản lập tức động quân, rồi dâng thư lên triều đình xin thảo phạt. Năm sau, Quách Mặc cùng quân đội của Đào Khản giao chiến, nhưng bất lợi, đành cố thủ trong thành Tầm Dương. Sau đó đại quân của Đào Khản tập hợp đầy đủ, đối địch được 2 tháng thì bộ tướng Tống Hầu của Quách Mặc trói 5 cha con ông ta và Trương Sửu ra hàng, Đào Khản đem bọn Quách Mặc ra chém đầu. Đào Khản được gia phong đô đốc Giang Châu, lĩnh chức thứ sử, được phép bố trí quan viên.

Quách Mặc từng nhiều lần cùng vua Hậu Triệu là Thạch Lặc giao chiến, nên Thạch Lặc e ngại sự hung hãn của ông ta, nhưng nghe tin Đào Khản gươm không vấy máu đã bắt được Quách Mặc, Thạch Lặc lại càng e ngại. Bộ tướng của Tô Tuấn là Phùng Thiết giết chết con trai Đào Chiêm của Đào Khản, về sau đến hàng Thạch Lặc, Thạch Lặc dùng ông ta làm biên tướng. Đào Khản bèn nói với Thạch Lặc việc Phùng Thiết giết Đào Chiêm, Thạch Lặc lập tức giết Phùng Thiết.

Năm Hàm Hòa thứ 7 (332), Đào Khản phái con trai Đào Bân và Nam trung lang tướng Hoàn Tuyên đánh bại tướng Hậu Triệu là Quách Kính ở Phàn Thành; phái Đào Trăn và Cánh Lăng thái thú Lý Dương công phá Tân Dã, giành lại Tương Dương. Đào Khản được phong Đại tướng quân, được mang kiếm lên điện, vào triều không phải rảo bước, vái lạy không phải xưng tên, Đào Khản từ chối. Những năm cuối đời, Đào Khản không muốn nắm quyền trong triều, nhiều lần dâng thư xin về nghỉ.

Năm Hàm Hòa thứ 9 (334), Đào Khản nhân bệnh nặng dâng biểu cáo lão về quê, đem mọi việc giao cho Hữu tư mã Vương Khiên Kỳ, rồi lên thuyền đến Trường Sa. Ngày hôm sau ông mất trong thuyền ở Phàn Khê, thọ 76 tuổi, được ban thụy là Hoàn.